マイクロ法人 税金はこう変わる！インボイス・消費税・社会保険の実務チェックリスト

マイクロ法人の節税効果は、税金と社会保険を一体で設計して初めて最大化されます。

本記事ではその結論に基づき、インボイス制度への対応判断から消費税の有利な選択、社会保険料を抑える役員報酬設定、経費処理の実務まで、具体的なチェックリストで網羅的に解説。

この記事を読めば、法人化で後悔しないための最適な選択と、設立から申告までの手順が全て分かります。

まず押さえるマイクロ法人 税金の全体像

マイクロ法人を設立することで、個人事業主のまま事業を続けるよりも税金や社会保険料の負担を軽減できる可能性があります。
しかし、法人化にはメリットだけでなく、設立・維持コストや事務負担の増加といったデメリットも存在します。

まずは全体像を把握し、ご自身の事業状況に合わせた最適な選択ができるよう、基本的な知識を整理しましょう。

法人化のメリット・デメリットとボーダーライン

個人事業主からの法人化を検討する際、最も気になるのが「どれくらいの利益が出たら得になるのか」というボーダーラインです。

一概には言えませんが、税金や社会保険料の観点から、一般的に課税所得が800万円から1,000万円を超えると、法人化した方が手元に残る金額が多くなる可能性があると言われています。
 これは、個人に課される所得税が所得に応じて税率が上がる「累進課税」であるのに対し、法人税は一定の税率であるためです。

ただし、この金額はあくまで目安です。

実際には、役員報酬の設定額や社会保険料の負担、消費税の納税義務などを総合的にシミュレーションする必要があります。

まずは、法人化のメリットとデメリットを正しく理解することが重要です。

法人税・地方税・消費税・社会保険の負担構造

マイクロ法人を設立すると、個人事業主とは異なる種類の税金や社会保険料を納めることになります。

それぞれがどのような性質を持ち、何に対して課されるのか、その基本的な構造を理解しておくことが節税や資金繰り計画の第一歩となります。

インボイス対応の判断チャートと実務

2023年10月1日から開始されたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、マイクロ法人にとっても無関係ではありません。

消費税の納税義務がない免税事業者であっても、取引先との関係維持や今後の事業拡大を見据えた上で、インボイス登録を行うかどうかの戦略的な判断が求められます。

この章では、マイクロ法人がインボイスにどう向き合うべきか、判断基準から具体的な実務フローまでを詳しく解説します。

取引先の要請 売上構成 自社の仕入の有無で判断

インボイス登録（適格請求書発行事業者への登録）をすべきかどうかは、自社の状況によって結論が異なります。

以下のチャートを参考に、ご自身の状況を整理してみましょう。

登録から請求書発行 保存までの運用設計

インボイス登録を決めたら、速やかに実務の運用設計に移ります。手続き自体は難しくありませんが、請求書フォーマットの変更や保存義務など、やるべきことは多岐にわたります。

ステップ1：適格請求書発行事業者の登録申請

まず、納税地を所轄する税務署長に「適格請求書発行事業者の登録申請書」を提出します。
手続きはe-Taxを利用すると、オンラインで完結でき、書面提出よりも早く登録番号が通知されるためおすすめです。
申請後、税務署の審査を経て登録番号が通知されます。

ステップ2：請求書フォーマットの変更

登録番号を受け取ったら、請求書や領収書などをインボイスの要件を満たすフォーマットに変更する必要があります。
従来の請求書に加えて、主に以下の項目を記載しなければなりません。

なお、請求書や納品書、領収書など、名称を問わずこれらの要件が満たされていれば適格請求書として扱われます。

ステップ3：会計ソフト・請求書発行システムの対応

freee会計やマネーフォワード クラウドといった主要なクラウド会計ソフトは、インボイス制度に対応しています。 
設定画面で自社の登録番号を入力し、インボイス対応の請求書テンプレートを選択するだけで、要件を満たした書類を簡単に作成できます。 
これから導入する場合は、インボイス制度への対応機能が充実しているソフトを選ぶと良いでしょう。

ステップ4：請求書の保存義務

インボイス制度では、発行した側（売手）と受領した側（買手）の双方に、請求書の保存義務が課せられます。
発行した側は交付したインボイスの写しを、受領した側は受け取ったインボイスそのものを、原則として7年間保存する必要があります。
これは電子帳簿保存法の要件とも関連するため、電子データでやり取りした請求書は電子データのまま保存するなど、法令に則った対応が不可欠です。

インボイス未対応時の値引き交渉と代替案

様々な理由からインボイス登録をしない（免税事業者のままでいる）選択をした場合、取引先から価格交渉を受ける可能性があります。
その際のリスクと具体的な対処法を理解しておくことが重要です。

リスク：消費税相当額の値引き要請

自社がインボイスを発行できないと、買手である取引先は、自社に支払った消費税額を仕入税額控除できなくなり、その分、納税負担が増えてしまいます。
そのため、取引先から消費税相当額の値引きを要請されることは、十分に想定される事態です。
一方的に取引価格を引き下げるよう通告することは独占禁止法や下請法に抵触する可能性がありますが、双方合意の上での価格交渉自体は問題ありません。

交渉のポイントと代替案

値引き交渉をされた場合は、一方的に要求を飲むのではなく、冷静な対応が求められます。

インボイスに登録しないという選択は、短期的な事務負担や納税負担を回避できるメリットがありますが、取引先との関係性や長期的な事業戦略を考慮した上で、慎重に判断する必要があります。

▶ インボイス登録した時の影響シミュレーション

消費税の選択肢別メリットデメリット比較

インボイス制度の開始により、マイクロ法人における消費税の取り扱いは非常に重要な経営判断となりました。

これまで消費税の納税が免除されていた事業者も、取引先との関係上、課税事業者になることを選択するケースが増えています。

ここでは、「免税事業者の継続」「課税事業者（本則課税）」「課税事業者（簡易課税）」「2割特例の活用」という4つの選択肢について、それぞれのメリット・デメリットを詳しく比較検討します。

免税継続の条件と機会損失の把握

マイクロ法人を設立する大きなメリットの一つが、消費税の免税事業者になれる可能性がある点です。 

資本金1,000万円未満で設立し、特定期間の課税売上高などの条件を満たせば、設立から最大2年間は消費税の納税義務が免除されます。
しかし、インボイス制度下では、免税事業者のままでいることのデメリットも慎重に考慮しなければなりません。

免税事業者を継続する最大のメリットは、消費税の申告・納税が不要であることです。
これにより、経理事務の負担が大幅に軽減され、預かった消費税がそのまま利益（益税）となるため、資金繰り上有利になります。
しかし、最大のデメリットは、適格請求書（インボイス）を発行できないことです。

取引先が課税事業者である場合、インボイスがないと仕入税額控除ができないため、取引の見直しや値引き交渉を求められる可能性があります。
これが「機会損失」につながるリスクです。

課税事業者の本則課税での実務ポイント

本則課税（一般課税）は、売上にかかった消費税額から、仕入や経費で支払った消費税額を差し引いて納付税額を計算する、消費税計算の原則的な方法です。

すべての取引について消費税を正確に把握する必要があるため、経理処理は煩雑になりますが、大きな設備投資や輸出取引がある場合にはメリットが大きくなります。

マイクロ法人で本則課税を選択するメリットは、支払った消費税額が売上にかかる消費税額を上回った場合に、その差額の還付を受けられる点です。

例えば、事業用の高額なPCやソフトウェア、車両などを購入した期は、還付を受けられる可能性があります。
一方、デメリットは、すべての領収書や請求書についてインボイスの要件を確認し、税率ごとに区分して経理処理を行う必要があるため、事務負担が非常に重くなる点です。

簡易課税の選択基準 事業区分とみなし仕入率

簡易課税制度は、基準期間（前々事業年度）の課税売上高が5,000万円以下の事業者が選択できる、消費税計算を簡素化するための制度です。

実際の仕入税額を計算する代わりに、売上にかかる消費税額に業種ごとに定められた「みなし仕入率」を掛けて納付税額を計算します。

この制度の最大のメリットは、経理事務の負担軽減です。

受け取った請求書がインボイスであるかどうかの確認や保存が不要となり、売上さえ管理していれば納税額を計算できます。
ただし、実際の経費率がみなし仕入率よりも高い場合は、本則課税よりも納税額が多くなり不利になる可能性があります。
また、一度選択すると原則として2年間は変更できないため、慎重な判断が必要です。

出典：国税庁 No.6509 簡易課税制度の事業区分

2割特例の活用場面と注意事項

2割特例は、インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった事業者の税負担や事務負担を軽減するために設けられた経過措置です。

納付する消費税額を、売上にかかる消費税額の2割にすることができる非常に有利な制度です。
この特例は、事前の届出が不要で、確定申告時に選択するだけで適用できます。

対象となるのは、2023年10月1日から2026年9月30日までの日の属する課税期間です。

多くのマイクロ法人にとって、この2割特例が最も納税額を抑えられる選択肢となるでしょう。
特に、コンサルタントやデザイナーといった経費の少ないサービス業（第五種事業、みなし仕入率50%）の場合、簡易課税よりも有利になります。
ただし、卸売業（第一種事業、みなし仕入率90%）や小売業（第二種事業、みなし仕入率80%）など、みなし仕入率が80%を超える業種の場合は、簡易課税の方が有利になるため比較検討が必要です。
また、この特例は期間限定の措置である点に注意が必要です。

社会保険の落とし穴と対策

マイクロ法人を設立すると、個人事業主の時にはなかった社会保険（健康保険・厚生年金保険）の加入義務が発生します。
これは、たとえ社長一人だけの法人であっても原則として避けられません。

社会保険料は役員報酬の額に応じて決まるため、税金だけでなく社会保険料の負担も考慮した資金計画が不可欠です。

ここでは、マイクロ法人が直面しがちな社会保険の落とし穴と、その具体的な対策について詳しく解説します。

法人は原則加入 必ず発生する加入義務

個人事業主から法人成りした場合に最も大きな変化の一つが、社会保険への加入です。

法人は、業種や規模、従業員数にかかわらず、社会保険の「強制適用事業所」となります。 
つまり、代表者1人だけのマイクロ法人であっても、役員報酬を支払う限り、健康保険と厚生年金保険に加入する義務が生じるのです。

ただし、役員報酬がゼロの場合や、健康保険・厚生年金保険料の最低額を下回るほど著しく低い報酬の場合は、社会保険に加入できないケースもあります。
その場合は、個人事業主と同様に国民健康保険と国民年金に加入することになります。

社会保険に未加入のまま放置すると、年金事務所による指導や立ち入り検査の対象となり、最大2年分遡って保険料を追徴されるリスクがあります。

 設立後は速やかに「健康保険・厚生年金保険新規適用届」を管轄の年金事務所へ提出しましょう。

役員報酬の期中変更不可と設計のコツ

社会保険料は、役員報酬の金額を基に算出される「標準報酬月額」によって決まります。
この役員報酬は、税務上のルール（定期同額給与）により、原則として事業年度の途中で自由に変更することはできません。 

事業年度開始から3ヶ月以内に決定した金額を、その事業年度中は毎月同額で支払い続ける必要があります。

もし、このルールを守らずに期中で役員報酬を増額すると、増額した部分の金額は法人の経費（損金）として認められず、法人税の負担が増えてしまうペナルティが課せられます。

業績が著しく悪化した場合など、やむを得ない事情がある場合に限り減額が認められることもありますが、その要件は厳格です。
そのため、事業年度開始時に、年間の利益計画と社会保険料負担の両方を慎重にシミュレーションして役員報酬額を決定することが極めて重要です。

社会保険料を考慮した役員報酬設計のポイント

マイクロ法人の場合、役員報酬を戦略的に設定することで、社会保険料の負担を最適化することが可能です。

例えば、役員報酬を社会保険料が低く抑えられる金額（例：月額45,000円など）に設定し、残りの利益は法人に残す、あるいは配当として受け取るといった方法が考えられます。
ただし、個人の生活費や所得税・住民税とのバランスも考慮する必要があります。

標準報酬月額の決まり方 算定基礎と月額変更

社会保険料の計算の基礎となる「標準報酬月額」は、報酬月額を一定の等級（健康保険は50等級、厚生年金は32等級）に区分したものです。
この標準報酬月額は、主に3つのタイミングで見直されます。

標準報酬月額が決まる3つのタイミング

標準報酬月額は一度決まると、原則として次の見直し時期まで固定されます。

それぞれの仕組みを正しく理解しておくことが重要です。

マイクロ法人の場合、役員報酬は期中に変更しないことが原則のため、主に「資格取得時決定」と毎年の「定時決定」が関係します。
特に、決算期変更などで事業年度の開始月を変更し、それに伴い役員報酬の改定時期が4月～6月以外になった場合は、社会保険料の改定タイミングが税務上の報酬改定タイミングとずれることに注意が必要です。

例えば、10月に役員報酬を増額した場合、随時改定の要件を満たせば、社会保険料は4ヶ月目から変更されますが、定時決定まではその額が維持されます。

役員報酬を決める前の税務チェック

マイクロ法人の運営において、役員報酬の設定は法人税・所得税・社会保険料のバランスを最適化するための最重要事項です。

ここでは、税務上のルールを遵守し、手取り額を最大化するためのチェックポイントを具体的に解説します。

損金算入の要件と株主総会議事録の整備

役員報酬を法人の経費（損金）として計上するには、法人税法で定められた厳格なルールを守る必要があります。

もしルールから外れてしまうと、役員報酬が損金として認められず、法人税の負担が増えるだけでなく、役員個人には所得税が課されるという二重課税のリスクが生じます。

損金算入が認められる役員給与は、主に以下の3種類ですが、マイクロ法人では実質的に「定期同額給与」が中心となります。

役員報酬の金額を決定または変更する際には、必ず株主総会での決議が必要であり、その証拠として株主総会議事録を作成・保管しなければなりません。 

税務調査の際に、この議事録の有無が損金算入を判断する上で重要な資料となります。

議事録には、開催日時、場所、出席者、決議された報酬額などを正確に記載する必要があります。

給与所得控除とのバランスと配当の使い分け

役員報酬は個人の「給与所得」となり、所得税や住民税が課されます。
その際、収入額に応じて一定額が経費のように差し引かれる「給与所得控除」が適用されます。
この控除額を最大限に活用しつつ、社会保険料の負担も考慮した金額に設定することが、手取り額を増やす鍵となります。

一方、会社の利益を株主である自分に分配する方法として「配当」があります。

役員報酬と配当には、税務上の取り扱いに大きな違いがあります。

マイクロ法人の場合、社会保険料の負担を抑えるために役員報酬を低めに設定し、残りを配当で受け取るという戦略も考えられます。
ただし、配当は法人税が課された後の利益から支払われるため、法人税の負担は増加します。

 法人税率、個人の所得税率、社会保険料率の3つのバランスを総合的にシミュレーションし、最適な組み合わせを見つけることが重要です。

源泉所得税 住民税特別徴収 年末調整の準備

法人として役員報酬を支払う場合、従業員を雇用している場合と同様に、税金に関する手続きを適切に行う義務があります。

源泉所得税
役員報酬の月額が88,000円以上の場合、所得税を天引き（源泉徴収）し、原則として支払った月の翌月10日までに国に納付する必要があります。
報酬額がそれ未満でも「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を法人に提出・保管していないと源泉徴収が必要になるため注意が必要です。
納付が遅れると延滞税が課される可能性があります。

住民税の特別徴収
法人は、役員の住民税を役員報酬から天引きし、本人に代わって市区町村に納付する「特別徴収」を行う義務があります。
毎年1月末までに、各市区町村へ「給与支払報告書」を提出し、それに基づいて決定された住民税額を6月から翌年5月まで毎月納付します。

年末調整
マイクロ法人の役員が1人だけであっても、原則として年末調整を行う必要があります。
年末調整は、毎月の給与から源泉徴収した所得税の年間合計額と、年間の給与総額について納めるべき所得税額を一致させる手続きです。
各種控除（生命保険料控除など）を反映させ、所得税の過不足を精算します。
年末調整後、源泉徴収票や法定調書合計表といった書類を作成し、税務署や市区町村へ提出します。

経費と証憑の実務 電子帳簿保存法に対応

マイクロ法人の経営において、経費を適切に計上することは節税の基本です。
しかし、その経費が税務上認められるためには、客観的な証拠となる証憑（しょうひょう）を正しく保存する義務があります。
特に2024年1月から電子帳簿保存法が改正され、電子取引データの保存が完全義務化されたことで、これまで以上に厳格な対応が求められています。

この章では、日々の経費精算から証憑の管理、そして法改正への具体的な対応策までを詳しく解説します。

領収書 請求書 電子取引データの保存要件

経費の計上には、その支払いを証明する領収書や請求書が不可欠です。
これらの証憑の保存方法は、紙で受け取ったか、電子データで受け取ったかによって異なります。
特に、メール添付のPDF請求書やECサイトからダウンロードした領収書などの「電子取引データ」は、紙に出力しての保存が認められず、データのまま保存しなければなりません。

電子データの保存にあたっては、電子帳簿保存法で定められた以下の要件を満たす必要があります。

紙で受領した領収書や請求書は、原則として紙のまま7年間（欠損金が生じた事業年度は10年間）保存する必要があります。
これらをスキャンして電子データとして保存する「スキャナ保存」も可能ですが、一定の要件を満たす必要があります。

家事関連費の按分 交際費と福利厚生費の区分

マイクロ法人の場合、自宅を事務所として利用することも多く、その際に発生するのが「家事関連費」の取り扱いです。

家賃や水道光熱費、通信費など、事業とプライベートの両方に関わる費用は、事業で使用した割合を客観的かつ合理的な基準で按分（あんぶん）することで、事業分を経費として計上できます。

税務調査で指摘されないためにも、なぜその按分比率になるのかを明確に説明できる根拠（間取り図や使用記録など）を準備しておくことが重要です。

また、経費の中で判断に迷いやすいのが「交際費」と「福利厚生費」の区分です。

交際費は取引先など事業関係者への接待等の費用で、損金に算入できる金額に上限があります（資本金1億円以下の中小法人の場合、年間800万円まで）。

一方、福利厚生費は全従業員を対象とした慰安などの費用で、全額を損金にできます。

 誰を対象とした支出であるかによって税務上の取り扱いが大きく異なるため、正確な区分が必要です。

会計ソフトとワークフローの標準化

電子帳簿保存法への対応や日々の経理業務を効率的に行うためには、クラウド会計ソフトの導入が不可欠です。

会計ソフトを活用することで、証憑の保存から帳簿付け、確定申告までを一気通貫で管理し、ミスや漏れを防ぐことができます。

具体的には、

1. 領収書をスマートフォンで撮影してアップロード
2. OCR機能で日付や金額を自動読み取り
3. 勘定科目を設定して登録
4. 電子帳簿保存法の要件を満たしてデータ保存

といったワークフローを標準化することが可能です。
これにより、経理業務にかかる時間を大幅に削減し、経営者は本来の事業に集中できます。

freee会計 マネーフォワード クラウドのおすすめ設定

マイクロ法人に人気のクラウド会計ソフトとして「freee会計」と「マネーフォワード クラウド会計」が挙げられます。
どちらのソフトも電子帳簿保存法に対応しており、証憑の保存機能を備えています。

• freee会計: 簿記の知識がなくても直感的に操作しやすいのが特徴です。「ファイルボックス」機能に領収書や請求書をアップロードすれば、電子帳簿保存法の要件を満たして保存できます。
• マネーフォワード クラウド会計: 従来の会計ソフトに近い操作感で、簿記の知識がある方には馴染みやすいです。「マネーフォワード クラウドBox」が証憑の保存機能にあたります。

どちらのソフトを導入するにしても、銀行口座やクレジットカードとのAPI連携は必ず設定しましょう。
取引明細が自動で取り込まれ、仕訳作業が格段に楽になります。
また、電子請求書発行システムと連携させることで、請求書の作成から発行、保存までをデジタルで完結でき、業務効率がさらに向上します。

税務調査に備えるマイクロ法人のリスク管理

マイクロ法人は、その手軽さから設立が増えていますが、事業規模に関わらず税務調査の対象となります。

特に、節税を主目的として設立されるケースが多いため、税務署から所得分散などを疑われやすい傾向にあります。

税務調査で意図しないミスを指摘され、重いペナルティを課されることのないよう、日頃からリスクを認識し、適切な対策を講じておくことが極めて重要です。

否認リスクが高い取引 役員貸付金 架空外注

マイクロ法人では、経営者と会社の距離が近いがゆえに、プライベートな支出と会社の経費の境界が曖昧になりがちです。

税務調査では、このような「公私混同」が最も厳しくチェックされます。実態のない取引や、社長個人の支出を経費として計上することは、重加算税の対象となる可能性が非常に高いため、絶対に行わないでください。

特に注意すべき、否認リスクの高い取引は以下の通りです。

インボイス不備 源泉漏れ 社会保険未加入の対応

取引の客観的な証拠や、法律で定められた義務の履行状況も税務調査の重要な確認項目です。

制度への理解不足や手続きの漏れが、追徴課税に繋がるケースも少なくありません。

申告納付の年間カレンダーとチェックリスト

マイクロ法人の運営において、税金や社会保険の手続きは避けて通れない重要な業務です。

手続きにはそれぞれ期限が定められており、遅延すると延滞税などのペナルティが発生する可能性があります。

この章では、設立から決算、申告・納付までの一連の流れを年間カレンダーで俯瞰し、各フェーズで必要なタスクをチェックリスト形式で具体的に解説します。

スケジュールを正確に把握し、計画的に業務を進めることで、スムーズな法人運営を実現しましょう。

設立直後30日以内でやること一覧

法人設立後は、さまざまな届出を定められた期限内に提出する必要があります。
特に設立直後は手続きが集中するため、抜け漏れがないようリストで管理することが重要です。

節税メリットの大きい青色申告の承認申請など、提出が遅れると大きな不利益を被るものもあるため、迅速に対応しましょう。

税務署への届出

国税に関する手続きは、納税地を管轄する税務署で行います。
設立後に提出すべき主な書類は以下の通りです。

都道府県・市町村への届出

地方税に関する手続きとして、事業所を管轄する都道府県税事務所と市町村役場にも届出が必要です。
提出する書類の名称や期限は自治体によって異なる場合がありますので、事前に各自治体のウェブサイトで確認しましょう。

• 法人設立・設置届出書：設立日から15日〜2ヶ月以内など、自治体により期限が異なります。 税務署へ提出するものとは別に、地方税のために作成・提出が必要です。

年金事務所への届出

マイクロ法人では、社長一人であっても社会保険（健康保険・厚生年金保険）への加入が義務付けられています。
事実が発生してから5日以内に、管轄の年金事務所で手続きを行う必要があります。

• 健康保険・厚生年金保険 新規適用届
• 健康保険・厚生年金保険 被保険者資格取得届

決算前の節税施策と棚卸 固定資産管理

決算日が近づいてきたら、当期の利益を予測し、適切な節税対策を検討・実行します。
また、正確な決算書を作成するために、在庫や固定資産の現状を把握する作業も不可欠です。

決算2〜3ヶ月前に行うべき節税対策

決算日直前では実行できない節税策も多いため、余裕を持ったスケジュールで検討することが重要です。

• 役員報酬の適正化（次年度分）：役員報酬は事業年度開始から3ヶ月以内に決定する必要があり、期中の変更は原則できません。次年度の利益計画に基づき、適切な金額を検討します。
• 未払費用の計上：社会保険料など、決算日までに支払義務が確定しているものの、支払いが翌期になる費用を未払費用として計上します。
• 短期前払費用の活用：家賃や保険料など、翌期分の費用を当期中に支払い、一定の要件を満たすことで当期の経費として計上します。
• 倒産防止共済（経営セーフティ共済）への加入：掛金（最大年240万円）を全額損金に算入できる制度です。
• 少額減価償却資産の特例の活用：青色申告法人であれば、取得価額30万円未満の資産を年間合計300万円まで一括で経費計上できます。 決算間際に必要な備品などを購入する際に有効です。

決算日に行うべき実務

決算日当日には、資産の状況を正確に把握するための作業を行います。

• 棚卸（実地棚卸）：商品や製品、仕掛品などの在庫を実際に数え、数量と金額を確定させます。
• 固定資産台帳の整備：期中に取得・売却・除却した固定資産を固定資産台帳に反映させ、減価償却費の計算準備をします。

決算後2か月以内の申告納付 e-Tax eLTAX

決算が確定したら、申告書の作成と税金の納付を行います。

法人税、消費税、法人住民税、法人事業税の申告・納付期限は、原則として事業年度終了の日の翌日から2ヶ月以内です。 
例えば3月決算の法人であれば、5月31日が期限となります。

決算書の作成と法人税申告

会計ソフトなどを用いて作成した決算書（貸借対照表、損益計算書など）を基に、各種税金の申告書を作成します。
申告と納付が必要な主な税金は以下の通りです。

• 法人税・地方法人税（国税）
• 法人住民税（地方税）
• 法人事業税・特別法人事業税（地方税）
• 消費税・地方消費税（国税）

電子申告（e-Tax・eLTAX）の活用

税金の申告は、オンラインで行う電子申告が主流となっています。
国税は「e-Tax（イータックス）」、地方税は「eLTAX（エルタックス）」というシステムを利用します。
窓口へ出向く必要がなく、24時間いつでも提出可能であるなど多くのメリットがあります。
利用には事前の利用者識別番号の取得などが必要なため、早めに準備を進めましょう。

【モデルケース】3月決算法人の年間税務カレンダー

以下に、3月31日を決算日とするマイクロ法人の、主な税務・労務に関する年間スケジュール例を示します。

マイクロ法人 税金のQ&A

マイクロ法人の設立や運営にあたって、税金に関する疑問は尽きないものです。
特に、個人事業主との兼業や外注費の扱い、インボイス制度への対応など、判断に迷うケースも少なくありません。

この章では、マイクロ法人の税金に関するよくある質問について、具体的な注意点とともに詳しく解説します。

個人事業との二刀流と業務委託契約の注意点

マイクロ法人と個人事業主の二刀流は、社会保険料の最適化や所得分散による節税効果が期待できる一方、税務上のリスクも伴います。
特に、マイクロ法人から個人事業主である自分へ業務委託を行う際には、その取引が実態を伴ったものであるかどうかが厳しく問われます。

税務調査で最も問題となりやすいのが、その業務委託が実質的に給与と変わらない「給与所得」と認定されるケースです。 

給与と認定された場合、法人側では役員報酬と合算して社会保険料の算定対象となり、個人側では給与所得として総合課税の対象となるため、想定していた節税メリットが失われるだけでなく、追徴課税のリスクも生じます。

このような事態を避けるため、業務委託契約を結ぶ際は以下の点に注意し、取引の実態を客観的に証明できるようにしておくことが重要です。

外注費か給与かの判定と源泉の要否

外部の個人へ業務を依頼し報酬を支払う際、その支払いが「外注費」になるか「給与」になるかで、税務上の取り扱いが大きく異なります。

外注費であれば消費税の課税仕入れとして控除できますが、給与の場合は対象外です。
また、給与であれば源泉徴収義務が発生しますが、外注費の場合は原則不要です（一部の報酬を除く）。
この判定は契約書の名称だけで決まるのではなく、業務の実態に基づいて総合的に判断されます。

税務調査で指摘を受けないためにも、以下の基準を参考に慎重に判断する必要があります。

報酬を支払う相手が個人の場合、たとえ外注費であっても、その業務内容によっては源泉徴収が必要になる場合があります。 

所得税法で定められている源泉徴収が必要な報酬の代表例には、原稿料、講演料、デザイン料、弁護士や税理士など特定の資格を持つ人へ支払う報酬などがあります。

支払いを行うマイクロ法人は源泉徴収義務者として、報酬から所得税を天引きし、国に納付する義務があります。

インボイス登録をやめたいときの手続き

一度、適格請求書発行事業者（インボイス事業者）として登録したものの、取引状況の変化などから登録を取りやめ、免税事業者に戻りたいと考えるケースもあります。
その場合、「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を納税地を管轄するインボイス登録センターへ提出する必要があります。

手続きを行う上で、特に注意すべきなのは届出書を提出するタイミングと、登録の効力が失われる時期です。

• 効力が失われるタイミング：原則として、取消届出書を提出した課税期間の翌課税期間の初日から登録の効力が失われます。
• 提出期限：登録を取りやめたい課税期間の初日から起算して15日前までに取消届出書を提出する必要があります。

例えば、個人事業主や12月決算法人が2025年1月1日から登録を取りやめたい場合、2024年12月17日までに届出書を提出しなければなりません。
この期限を過ぎて提出した場合、効力が失われるのはさらに1年先の2026年1月1日からとなってしまうため、計画的な手続きが求められます。

また、インボイス登録を取り消しても、必ずしも免税事業者に戻れるわけではない点にも注意が必要です。

基準期間の課税売上高が1,000万円を超えている場合や、「消費税課税事業者選択届出書」を提出している場合は、別途「消費税課税事業者選択不適用届出書」を提出しない限り、消費税の納税義務は継続します。

まとめ

マイクロ法人は、税金と社会保険料の負担を最適化できる有効な手段です。
しかし、そのメリットを最大限に享受するには、インボイス制度への対応、消費税の課税選択、社会保険の加入義務といった複雑な実務を正確に理解し、計画的に運用することが不可欠です。

本記事で解説した判断チャートや年間カレンダーを活用し、役員報酬設定から日々の経費管理、決算申告までを見据えた適切な法人運営を行いましょう。